日期：2023-04-26 21:52:11 来源：哔哩哔哩
上节回顾：数据前处理，过滤最小等位基因频率≤0.05的SNP位点。
本节主要内容是：利用rTASSEL对自己的数据进行全基因组关联分析。
(资料图片仅供参考)
一、从路径读取数据
基因型数据的首行和基因型数据如下：
*共238份样品，97276个SNP位点。
二、数据过滤
*可以看到数据过滤后剩57227个SNP位点【这里缺失率依据样本自行调整】
三、计算亲缘关系
四、计算混合线性模型（MLM）
五、数据结果可视化绘制曼哈顿图（Manhattan）
注：这里一开始使用rTASSEL中的内置包绘制曼哈顿图踩了一个坑，是自己数据的问题。
很好，自己的数据成功白屏。9w SNP还是挺大数据的。
换种思路，让他直接导出到PDF文档中。
*额……一开始以为是数据量太大。后来想起自己文件的Chr数据直接是基因，而不是染色体。
那咱就直接导出数据包，然后手动进行修改哈。不要难为自己，一码到底。
导出后的数据：
修改后数据，直接保留作图需要的四列即可。
后边就可以寻找具显著关联的染色体和位点啦！
预告：
1. CMplot、qqman代码简介。
2. 对hmp文件进行修改。（这里使用自己的数据进行分析时出现的问题）
3. 修改曼哈顿图绘制数据中的染色体一列。使用qqman染色体位置需要用数字类型，像小麦这种染色体命名为1A、1B、1D的命名方式需要修改成1、2、3才可以用qqman作图。
……【后续想起来再补充】
【最复杂的代码，做最简单的事。】
标签：
上一篇： 【当前热闻】获批一年，青岛国家人力资源服务出口基地全面起势
下一篇： 最后一页
R|利用rTASSEL进行全基因组关联分析（四）
【当前热闻】获批一年，青岛国家人力资源服务出口基地全面起势
四川口腔医院双流分院今日开业并接诊_当前关注
深潜，战斗在水下 全球快消息
车险快速理赔是什么意思
重庆一女子失足坠入7米深墙缝，消防员凿壁拆墙将其救出
【世界快播报】广东省佛山市顺德区乐从镇邮编 广东省佛山市顺德区
上映18小时，票房破亿，我断言：这部灌篮高手电影，会火向全国
顾雏军索赔超1.2亿 最高法:不支持 基本情况讲解
内部招聘的优点包括_内部招聘
最高检：聚焦服务科技自立自强，突出对信息技术、人工智能等新技术知识产权保护
上饶市广丰区举办第四届“工会杯”职工象棋比赛
三星Exynos 2400回归！性能爆发 剑指高通骁龙8 Gen3
焦点短讯！2023碳中和市场现状及前景分析
天天观热点：1Q23计算机行业持仓分析：技术变革带动机构持仓回归超配
自然资源部：严禁以土地综合整治名义调整生态保护红线 严禁违背群众意愿搞大拆大建
融资丨「至秦仪器」完成超数千万元A轮融资，赛智创投领投|视点
石岛镇桃树园皮肤病医院_石岛镇 天天微资讯
布克季后赛生涯第6次砍下40+ 超越巴克利成为队史第一-今日热门
沈腾月球电影叫什么名字 沈腾百花奖得多少票_当前滚动
市辖区办理完成18宗二手房“带押过户” 世界快资讯
杭州三批次12宗涉宅地块166.6亿元成交,8宗地块封顶摇号
开源证券给予景业智能买入评级，公司信息更新报告：Q1 业绩亮眼，持续受益核工业设施建设
全球焦点！《奥德赛：星际远征》Steam抢测 星际建设探索
四月飞雪 峨眉山金顶“冰杜鹃”乐翻游人
